Proteinlerdeki ilk değişiklik midede gerçekleşir. Midede salgılanan pepsin enzimi ile hidroklorik asit (HCl) karışımının etkisiyle, proteinler peptitlere (dipeptit, tripeptit,tripeptit) parçalanır. Peptitler ince bağırsaklara gelince. burada pankreasın salgıladığı tripsin ve kimotripsin enzimlerinin ve ince bağırsaklardan salgılanan erepsin enziminin etkisiyle amino asitlere kadar parçalanırlar. Anuno asitler bağırsaklardan basit difüzyon ve aktif taşıma ile kana geçer ve karaciğere gelir. Burada amino asitlerin azotu ayıklanarak üre, ürik asit ve kreatinin olarak böbreklere gönderilir ye idrarla dışan atılır. Karaciğerde ayrıca bazı amino asitler vücudun ihtiyaçlara göre bir diğerine çevrilebilmektedir. Amino asitler karaciğerden dolaşıma geçerek dokulara taşınır ve hücrelerde tekrar protein haline getirilir.
